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日本高等教育主要包括四种类型：大学、短期大学、高等专科学校和专修学校，大学设置有大学院即研究生院。目前日本大学的总数为765所，私立学校在校学生所占比例为76%，由此可见私立大学在日本现代高等教育中占有非常重要的地位。
日本是一个高度的法制化社会，教育也不例外，通过教育法规实行对高等教育的指导和控制，实行地方分权和民主办学，尊重个人的教育机会，可以说是战后日本高等教育的一贯方针政策。在学校管理上，虽然日本国立、公立高等学校与私立高等学校的内部行政管理不同，前者与我国高等院校的内部行政管理相似，而更为简练，后者则与我国高等院校的行政管理相距甚远。但无论国立或私立高等院校均体现“教授治校”的原则。日本的国立或私立高等院校均设置有评议会或教授会，它是学校的最高权力机构，成员主要由有声望的教授组成。教授会负责审理大学的学科设置、办学方针、人事制度、财政预算结算、资本处理、解散、合并等一系列的重大事项。
日本学生的课外活动内容丰富，各类学生组织名目繁多，如高尔夫球俱乐部、钓鱼俱乐部，各种同好会、集邮会、音乐爱好者协会等等。遇到校园庆典和大的节日时，各种组织纷纷登场亮相，吹拉弹唱，自编自导自演。各种出自学生之手的风味小吃云集校园，一时间，校园变得象集市和庙会一样，很是热闹。
360教育集团指出，今天的日本大学除了基础知识和基本技能的传授外，特别注意介绍和研究世界新情报、新知识和新技术。很多大学的多数课程不采用教科书而是指定参考书。学生根据教授的要求阅读大量参考书，获取广泛的知识。学生必须通过自己的独立思考判断真伪，评价优劣，决定取舍，得出自己的结论。这一过程实际上是学生不断反复学习的过程，是学生学会和获取新知识的过程，也是学生逐步养成独立和创造性思维能力的过程。
日本大学的相互兼课及退休后的再聘用较为普遍，这种相互兼课可以打破国立和私立大学的界限，有利于学术交流并节减开支。另一方面，私立大学利用其退休年龄晚于国立大学的制度，聘用从国立大学退休的教授继续执教。这种措施在一定程度上充分发挥了有关人员的知识优势，可以使某一专业课程得到最好的教授讲解，并使接受聘用退休教授的学校获得聘用教授几十年来积累的技术经验，以开创自己的新学科。因为一般而言，国立大学的教授具有丰富的教学经验和科研成果。
为指导学生顺利就业或进一步学习，日本大学除专设的就职科以外，各指导教授还备有历年本学科专业的就职情况资料，其中还有历届女生的就职情况专册。学校还辟专刊及时登载当年全部毕业学生的就职情况，这些都有利于即将毕业的学生较早准备，从而较好和充分地安排自己的未来。
日本高等院校的研究机构属于整个日本科学研究机构的一部分，文部省具体负责领导大学的科学研究工作。文部省的科研基金是支持高等院校科研工作最为广泛和重要的基金来源。此外，日本国内还有大量的财团和基金会支持科学研究。有名望的教授一项研究可得到5-6项基金的资助。充足的资金从基础上保证了研究的顺利进行。
在研究性质方面，日本的高等院校主要从事基础科学研究。从事教学与科研的基本单位是“讲座”。每个讲座由一个教授、一个副教授、一个讲师和一个助教（助手）以及多名攻读硕士和博士学位的研究生组成。形成一支老中青相结合，后备力量充足的研究集体。此外还有若干名四年级学生参与有关实验研究工作，以完成毕业论文。四年级学生的实验时间大约是半年或近一年。
日本的实验室对外交流较多，他们经常利用国外学者来日旅游或参加学术会议之机邀请国外同行来实验室参观交流。这些活动安排紧，讲求实效，内容纯属学术交流，茶水咖啡三明治招待即可，不浪费金钱和时间，而又有收获。
在日本从事研究工作的一大特点是踏实和高效。这是建立在高效的社会化服务和完善的后勤保障基础之上的。在日本，出成果较多的学者可以从多个渠道获得研究基金的资助，可以很方便地出国进行学术活动，他们频繁地参加国内的有关学术会议，及时了解别人的研究进展和介绍自己的工作，并能及时购置科研所需的仪器设备。这样又可以促进多出成果，形成一种良性循环。
在文献服务方面，日本大学已建立了比较完善的相互利用服务体系。各图书馆都有使用复印卡和自动投币式的复印机随时可供读者自行使用。文献检索系统也供读者自行操作，若需要到别的图书馆查询复印文献资料，只需在本校图书馆填写一张表格交工作人员，一星期左右你就可以得到自己所需的互借图书或复印好的文献。到时交钱取件即可。这些周到细致的服务，恪尽职守的作风保证了高校教师可以把自己的主要时间和精力投入到教学与科研工作中，成为推动整个社会向前发展的动力。
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